Ja, leider muss man die komplette Prüfung machen. Kurz vor dem ersten Examen entschied ich mich dafür, den Magister noch zu machen (Sonderpädagogik, BY). Ich konnte die Zwischenprüfung und mehrere Scheine anerkennen lassen, so dass ich nur noch ein paar Scheine nachholen musste. Der Magister in Bayern steht allerdings im Ruf, einfach zu sein.
Die Magisterprüfung musste ich zwar komplett machen, aber sie war wirklich ein Spaziergang gegen das erste Examen. Beim Examen hatte ich viel mehr Prüfungen und Lernaufwand. Ich habe für den Magister vier Wochen vorher mit dem Lernen angefangen, Prüfungszeitraum waren zwei Wochen (eine Klausur und drei mündliche Prüfungen, eine davon dauerte eine ganze Stunde).
Die Examensarbeit konnte ich auch als Magisterarbeit anerkennen lassen, allerdings habe ich die Examensarbeit noch gründlich überarbeitet, weil ich u.a. die Literatur aktualisieren wollte. An eine Magisterarbeit werden hohe Anforderngen gestellt, deshalb ist aktuelle Literatur ganz wichtig. Ich habe auch manches neu umgeschrieben.
Wenn du Pech hast, kann es auch sein, dass deine Examensarbeit nicht angerechnet wird, das kommt immer auf den Studiengang und das Bundesland an.
Der Magister ist in meinem Fall wirklich ein Spaziergang gegen das erste Examen gewesen, dass ich bin, weil der Magister in der freien Wirtschaft höherwertig als das erste Examen ist, das obendrein nicht als vollwertiges Studium gilt. Der Aufwand für das Lehramtsstudium inkl. Prüfungen war so viel höher als für das Magisterstudium. Ich kann über die reinen Magisterabsolventen meines Studiengangs nur müde lächeln, die studieren meist nur 8 statt 10 Semester, müssen insgesamt weniger Scheine machen und haben deutlich weniger Prüfungen als die Lehramtsstudenten.
Wie es bei euch ist, weiß ich nicht. Ich empfehle dir, dir die Magisterordnung gründlich zu lesen (vielleicht ist sie auch online) und Unklarheiten mit dem Prüfungsamt zu besprechen. So habe ich das auch gemacht.