Ich kann zwar erst ab der fünften Klasse sprechen (aber so weit ist das ja auch nicht entfernt...):
In allen Fächern sollten Rechtschreibfehler (genauso wie Grammatik und Ausdruck) mitkorrigiert werden - und auch mit bei der Benotung hinzugezogen werden. Dabei darf / muss je nach Schwere der Fehler bis zu 2/3 einer Note abgezogen werden (also z.B. aus einer 3+ kann eine 3- werden, aber nicht mehr eine 4+).
Soweit die Theorie...
Ich bitte die Kollegen in den entsprechenden Fächern immer, im Hinterkopf zu behalten, was die Schüler überhaupt leisten können. Die letzten Rechtschreib-/ Grammatikregeln werden erst in der 9. Klasse angesprochen. Davor kann ein Schüler also gar nicht alles richtig machen.
Dementsprechend sollte man wohl auch nicht alles anstreichen. So eine "rote Wüste" (mit lauter Dingen, die ein Schüler nicht wissen kann) ist - meiner Meinung nach - ziemlich demotivierend.
Deshalb lautet meine Empfehlung: Das korrigieren, was auch tatsächlich leistbar gewesen wäre.
Typische Fehlerquellen, die ich in der 5. Klasse gesehen habe, und von denen ich annehme, dass die entsprechenden Regeln bereits in der 3. Klasse bekannt sind, wären etwa:
Großschreibung von Substantiven (aber noch nicht Substantivierungen von Verben/ Adjektiven), Großschreibung von Satzanfängen, Zeichensetzung (Punkt am Satzende), geübte Wörter ("Fachbegriffe", die im Unterricht eingeführt wurden).
Manch ein Kollege ist entsetzt, dass er tatsächlich Fehler unkorrigiert stehen lassen und keine Punkte abziehen soll. Ich verweise dann auf das Fach Englisch. Dort gilt seit ein paar Jahren, dass der Inhalt / die geglückte Kommunikation wichtiger ist als alles andere. Antworten im Halbsatz (oder nur ein Wort), fehlerhafte Rechtschreibung oder Grammatik sind völlig akzeptabel (wenn sie denn nicht sinnentstellend sind).