Ich kenne die Bestimmungen nicht, aber ich bin gerade über deine Schlussfolgerung verwundert:
Nach deinem ersten Zitat gilt also: wenn 12 Stunden regulär sind und der Kollege durch dir dauerhafte Mehrarbeit 14 Stunden macht, diese 2 Stunden Mehrarbeit aber wegen Krankheit nicht gegeben werden, werden sie natürlich auch nicht bezahlt.
Denn im zweiten Zitat heißt es doch
"... ist ein Arbeitsausfall, der innerhalb der regelmäßigen Arbeitszeit eintritt und auf den der Beamte einen Rechtsanspruch hat (z.B. bei Erholungsurlaub, Erkrankung), auf die Ist-Stundenzahl in gleicher Weise anzurechnen, als wenn der Beamte arbeiten würde."
Bedeutet das nicht, dass gezahlt werden muss?
Ich würde es um Zweifel zugunsten der Lehrperson auslegen und aufschreiben. Wenn irgendwer im Amt was zu meckern hat, wird er sich schon melden.