Wenn eine Lehrkraft absehbar längerfristig (!) (gilt das für den geschilderten Fall?) erkrankt ist, erhält die Schule doch im Idealfall über flexible Mittel einen Ersatz in gleicher Höhe, d. h. die Kollegin mit (für NRW) 25,5 Wochenstunden Soll, von denen sie z. B. 24 Stunden unterrichtet und 1,5 Stunden aus dem Anrechnungstopf erhält, wird durch eine Vertretungskraft ersetzt, deren Vertrag über 25,5 Stunden geht. Da diese neue Lehrkraft keine Anrechnungsstunden erhält (sie ist neu und vermutlich nicht in die Abläufe eingebunden), wird sie mit 25,5 Stunden voll im Unterricht eingesetzt und die 1,5 Stunden, die die Schulleitung gewonnen hat, werden an die Lehrkraft verteilt, die die Sonderaufgabe übergangsweise übernommen hat.
Problematisch wird es dann, wenn es keine Vertretungslehrkraft trotz längerer Erkrankung gibt. Dann fallen der Schule vollumfänglich 25,5 Stunden weg, die im Beispiel genannten 24 Stunden müssen durch Vertretungsunterricht von bereits vorhandenen Kollegen (=Mehrarbeit) aufgefangen werden, für die Sonderaufgabe muss jemand kostenneutral gefunden werden (da die Tätigkeit bei Sonderaufgaben nicht mehrarbeitsfähig ist).
Der erkrankten Kollegin dürften daraus aber keine Nachteile entstehen, denn sie ist ja krank. Die Schulleitung könnte sich allenfalls mit einem Trick behelfen: Wenn am Anfang des Halbjahres absehbar ist, dass die Kollegin länger ausfällt, wird sie mit vollem Deputat in die Klassen verteilt, alle Stunden werden von Kollegen vertreten (= Mehrarbeit) und die Stunden aus dem Anrechnungstopf sind wieder frei. Allerdings hat die SL dann natürlich ggf. mehr Ärger mit den betroffenen Lehrkräften oder Eltern.