In Word 365 funktioniert die Stifteingabe, allerdings finde ich sie in Onenote vom Handling her angenehmer. Aber das ist vielleicht nur eine Geschmacksfrage. Probier es am besten aus.
Einen Nachteil hat die Onenote 365 App aber, im Gegensatz zur Office 2016 Version (die nicht weiterentwickelt wird): Man kann (noch?) kein Papierformat definieren, was aber zum Drucken, falls man das möchte, sehr praktisch wäre. Ausserdem schreibe ich lieber auf einer begrenzten Fläche, aber das ist auch Geschmackssache.
Gross einarbeiten muss man sich in Onenote nicht, finde ich, zumindest wenn man ohne die Kursnotizbuch-Features auskommt. Die braucht man aber sowieso nur, wenn man eine Digitalklasse hat.
Ich benutze ein Surface mit dem Surface-Stift, aber es gibt bestimmt andere (und günstigere) Lösungen, die auch gut funktionieren.