Was denn z.B.?
Wie schon genannt: Probleme mit BBB. Ferner Audiofeedback bei Moodle (weil Apple kein webm abspielt), meine Erklärvideos hatte ich auch ursprünglich mit webm kodiert, habe ich mittlerweile extra wegen der Apple-User auf mp4 mit aac und h264 umgestellt.
Dann in der Schule (wir haben, als nicht-Apple-Schule halt kein Apple TV) der Anschluss an Beamer usw., der gerne daran scheitert, dass Apple Geräte dann diverse Adapter brauchen, und zwar für gewöhnlich die teuren Apple-Adapter, nicht aber Adapter von Fremdherstellern.
Ein anderer Haufen von Problemen hat eher indirekt mit Apple zu tun: Unerfahrene Nutzer glauben den Werbeversprechen, dass mit Apple alles ganz einfach sei, und kaufen diese Geräte. In der Folge hat man hier große Probleme im Support (etwa, dass ein Apple Nutzer dann nicht weiß, dass sein Internetbrowser Safari heißt, dass es auch noch andere Browser gibt, was ein Browser überhaupt ist, weil - ich nehme einfach Internet usw. usf.).
Dann die Probleme in der anderen Richtung, dass mit Apple aufgenommene Erklärvideos dann anderswo nicht funktionieren (.mov).
Apple tut alles dafür, dass der Wunsch entsteht, dass alle Geräte und die Infrastruktur (also z.B. Apple TV) von Apple kommen. Wenn man das dann macht, funktioniert es auch sehr gut.
Deswegen meine Beobachtung, dass es aus meiner Sicht als Supporter an meiner Schule die meisten Probleme mit Apple gibt. Entweder direkt wegen der nicht unterstützten Standards oder indirekt, wie oben beschrieben.