Bundesland?
Mit einem BEM den Versuch zu starten, eine Versetzung durchzubekommen, wird von der Bezirksregierung in NRW jedenfalls nicht gern gesehen/normalerweise nicht ermöglicht.
Grundsätzlich darf dir aufgrund einer längeren krankheitsbedingten Fehlzeit und der Durchführung eines BEM-Gesprächs kein Nachteil erwachsen; du kannst in NRW das BEM-Gespräch auch bei der Schulaufsicht führen, wenn du es nicht mit der Schulleitung führen möchtest.